Parenkim

Merupakan sebuah jaringan yg tdr dr sel-sel hidup, sgt bervariasi scr morfologi maupun fisiologi dan biasanya mmlk btk polihedral, mmlk protoplas hidup. Sel-sel parenkim dpt dijumpai sebagai kelompok sel sejenis pendukung jaringan maupun berasosiasi dg jenis sel lainnya. Jaringan parenkim penyusun organ primer tumbuhan (mesofil daun, kortek dan empulur, bagian-bagian bunga) berdiferensiasi dr meristem dasar. Sel parenkim yg tergabung jar pengangkut primer dan sekunder dibentuk dari prokambium dan vaskular kambium. Parenkim jg dpt berkembang dr felogen dg mbtk feloderm, dmn jumlahnya meningkat dg adanya pertumbuhan sekunder

Isi sel parenkim merefleksikan aktifitas selnya. Pada jaringan yg aktif melakukan fotsin biasanya ditandai dg djumpainya byk kloroplas (=klorenkim). Ciri sel yg aktif berfungsi dlm proses fotosintesis adl memiliki banyak vakuola dan jaringannya mmlk ruang antar sel yg besar. Sedangkan sel parenkim sekretori biasanya memiliki protoplas padat. Sel parenkim dpt pula mengakumulasi berbagai jenis senyawa kimia. Pd biji, sel-sel parenkim penyimpan penyusun endosperm dicirikan dg adanya protein ataupun badan-badan minyak. Sel-sel parenkim penyimpan tepung dijumpai pd tuber kentang . Sel parenkim dpt pula terspesialisasi sbg jar penyimpan air, misalnya pd tumbuhan sukulen yi Agave, Aloe, Sansevieria, Peperomia. Sel-sel tsb biasanya berukuran besar, berdinding tipis, tssn dlm btk barisan, memanjang spt sel palisade, sitoplasmanya padat dg vakuola yg besar mengandung air ataupun substansi berlendir. Unt organ-organ penyimpan yg berada di dlm tnh, biasanya selnya tdk mengandung air, tp mengandung tepung, dpt pula kombinasi diantara keduanya. Dd sel parenkim dpt tebal maupun tipis. Bbrp sel parenkim dpt berdinding tbl maupun tipis.

Read More

Epidermis dan derivatnya

Merupakan lapisan sel terluar yang menyelubungi seluruh bagian tubuh tumbuhan primer, meliputi akar, batang, daun, bunga, buah, dan biji. Sel-sel inisial epidermis sebagian dpt berkembang mjd alat-alat tambahan lain sering dsbt derivat epidermis spt stoma, trikoma, sel kipas, sistolit, sel silika, dan sel gabus

Karakteristik sel epidermis
Memiliki bentuk yang bervariasi tetapi biasanya berbentuk tabular, dengan kedalaman (tinggi) yang rendah, kecuali pada beberapa lapisan biji yang sel epidermisnya mirip dengan sel palisade karena ketinggiannya lebih besar drpd lebarnya. Memiliki protoplast yang hidup, dan dapat menyimpan beberapa produk metabolisme. Memiliki plastida yg hy mengembangkan sedikit grana shg biasanya kekurangan klorofil. Epidermis tumbuhan yg hidup dlm naungan dan unt bbrp tumbhn yg hdp dlm air biasanya memiliki kloroplas yg aktif berfotsin. Kristal protein dan tepung dapat ditemukan dlm plastida pd epidermis. 

Sedangkan antosianin dijumpai dlm vakuola. Biasanya tersusun dari satu lapisan sel rapat tanpa ruang antar sel. Shg dikenal adanya istilah teichode unt merujuk pd ektodesmata dan saluran kecil tsb. Berfungsi dlm penyerapan daun dan ekskresi,bertujuan unt membatasi pergerakan air, tmsk aliran transpirasi dan solut
-Plasma sel melekat pada dinding sel sebagai selaput dengan sebuah vakuola besar di pusat yang berisi cairan sel
1.Amfistomatik
2.Hipostomatik
3.Epistomatik

Monokotil :
Sel penutup bentuk halter, ramping di tengah dan menggelembung
diujungnya
Inti memanjang di sepanjang sel penutup
Sel penutup bentuk halter, ramping di tengah dan menggelembung
diujungnya Inti memanjang di sepanjang sel penutup

Gymnospermae dan dikotil
Sel penutup bentuk ginjal

Gymnospermae dan dikotil
Sel penutup bentuk ginjal
Sel penutup bentuk ginjal

•Tipe anisositik/Cruciferae
bilamana sel penutup dikelilingi oleh 3 sel tetangga yg tdk sama besar
pada Cruciferae dan Solanaceae
bilamana sel penutup dikelilingi oleh 3 sel tetangga yg tdk sama besar
pada Cruciferae dan Solanaceae

•Tipe aktinositik
stomata dikelilingi oleh sel tetangga yg tersusun radier
stomata dikelilingi oleh sel tetangga yg tersusun radier

Sel epidermis memiliki ketebalan yg bervariasi. Bagian dinding luar periklinal biasanya lbh tebal dibanding bag dinding periklinal dlm dan antiklinalnya. Epidermis dg dinding yg sgt tebal dijumpai pd Conifer, dinding tsb mengalami lignifikasi dan hampir memenuhi lumennya. Noktah berhalaman primer dan plasmodesmata biasanya dijumpai pd dd antiklinal dan periklinal dlm dr sel epidermis. Dulunya plasmodesmata diperkirakan berada pd dd terluar epidermis dan dsbt sbg ektodesmata

Penelitian-penelitian terakhir menyebutkan bhw yg berada di permukaan luar dd epidermis bukanlah untaian sitoplasma akan tetapi mrpk berkas ruang interfibriler dlm dd selulosa yg terbentang dr plasma membran mnj

kutikula
Saluran kecil tsb (microchannel) pd tumb Xerofit biasanya mengandung pektin. Di lapisan terluar epidermis terkadang dijumpai adanya lapisan kutikula. Tersusun atas 2 lipid:

1. Kutin (tdk dpt larut) mrpk matrik dr kutikula
2. Lilin (wax), dpt larut, dideposisikan pd permukaan kutikula (epicuticular wax) maupun di bag dlm matrik (kutikula atau intracuticular wax

Kutikula mrpk karakteristik dr seluruh permukaan tumbuhan yg berhadapan dg udara luar. Pd kondisi tertentu dijumpai adanya kutikula pd sel-sel kortek, yg berfungsi sbg jaringan pelindung dsbt cuticular epitelium. Proses terbentuknya cuticular proper (kutin) dsbt cuticularization, yg dipermukaannya dijumpai adanya lilin (cuticular wax) tnp selulosa . Cuticular layer dijumpai dibawah kutin dan merupakan lapisan terluar dinding sel yang mengeras dg adanya kutin dg bbg tingkatan kekerasan. Proses terbentuknya cuticular layer dsbt cutinization. Pd bbrp spesies, inisial kutikula dsbt prokutikula (amorf). Kemudian penampakan ultrastrukturnya berubah mjd kutin yg khusus unt stp spesies. Kemunculan kutin diikuti dg tbtknya lapisan kutikula, makin lama makin menebal shg ketebalannya melebihi sel inisialnya. Kutin dan wax disintesis di sel epidermis dan harus bermigrasi ke permukaan dinding sel. Beberapa peneliti berpendapat bhw teichode berfungsi sbg jalur lewatnya kutin dan wax melewati dinding. Prekusor epicuticular wax diproduksi di RE dan di modifikasi di apparatus golgi sblm dilepaskan dr sitoplasma mll eksositosis

Stomata
Merupakan lubang/celah pd epidermis organ tumbuhan yg berwarna hijau yg dibatasi oleh sel khusus dsbt sel penutup. Sel penutup dibatasi oleh sel-sel yg btknya sama atau berbeda dg sel epidermis lainnya dan dsbt sel tetangga. Sel tetangga berperan dlm perubahan osmotik yg menyebabkan gerakan sel penutup yg mengatur lebar celah. Stomata dpt dijumpai pd bagi organ primer tanaman yg berada diatas permukaan tanah, terutama pd bag daun

Perkecualian

1. Tdk djumpai pd bag yg berada di ats perm tnh dr bbrp tnmn daratan yg tdk mmlk klorofil: Monotropa, Neotia 
2. Daun dr holoparasit famili Balanophoraceae : sgt kekurangan stomata
3. Stomata dpt ditemukan pd akar seedling Helianthus annuus, Pisum arvense, Ornithopus sativus, Pisum sativum, Ceratonia siliqua
4. Densitas stomata sgt bervariasi pd daun yg aktif melakukan fotsin, baik pd daun yg sama maupun pd daun berbeda namun msh dlm satu tanaman
5. Variasi tsb sgt dipengaruhi oleh faktor lingkungan, seperti cahaya dan kadar CO2

Daun dibedakan mjd 3 bdsrkn ltk stomatanya:
Berdasarkan letak sel penutup thd epidermis, dikenal 3 tipe stomata
Panerofor, Bila sel penutup terletak sama tingginya dg epidermis
Kriptofor, Bila sel penutup lebih rendah dr sel epidermis. 

Bila dilihat dari atas, sel penutup pd dikotil berbentuk ginjal, sedangkan pd Poaceae berbentuk halter

Distribusi stoma
Pada semua bagian tanaman di atas tanah, tidak ada di akar. Pada tanaman dikotil -> tersebar ; monokotil -> tersusun paralel. Pada daun jumlahnya ribuan - ratusan ribu per cm2. Pada tanaman air -> ada di permukaan atas daun (pada epidermis atas)

Sifat stoma : tertutup --> tidak ada cahaya ; terbuka --> ada cahaya

Penggolongan stomata pd tumbuhan dikotil yg bdsrkn letak sel tetangga disamping sel penutup stomatanya

Tipe anomositik/Ranunculaceae
Bilamana sel penutup dikelilingi oleh sel tetangga yg bentuk dan ukurannya sama dengan sel yg ada disekelilingnya
Pd Ranunculaceae, Caparidaceae, Cucurbitaceae, Malvaceae

Tipe parasitik/Rubiaceae
Bilamana sel penutup diiringi oleh sebuah sel tetangga atau lebih dg sb panjang sel tetangga sejajar dg sb sel penutup
Pada Rubiaceae, Magnoliaceae, Mimosaceae

Tipe diasitik/Caryophyllaceae
Stoma dikelilingi 2 sel tetangga, dinding kedua sel tetangga tsb tegak lurus thd sb panjang sel penutup serta celah
Pd Caryophyllaceae dan Acanthaceae

Tipe siklositik
Stomata dikelilingi oleh satu atau dua susunan sel tetangga yg tersusun msg-msg oleh 4 sel atau lb, mbtk lingkaran dg jari-jari yg sempit

Trikoma
A growth of hairs. Dpt dijumpai di seluruh bag tumbhn, dpt bertahan di sepanjang kehidupan tumbuhan ataupun gugur
Fungsi trikoma (5)
Tumbuhan yg hdp di daerah kering, daunnya memiliki banyak trikoma unt mengurangi penguapan (meningkatkan refleksi sinar matahari shg dpt menurunkan suhu daun)
Pd bbrp tumbhn epifit (Ex: Bromelia), trikoma pd daunnya dgunakan unt menyerap air dan mineral
Atriplex (Saltbush), menggunakan trikomanya unt mensekresikan klbhn garam, mncgh akumulasi garam berlebih dlm tanaman
Pada perkembangan daun awal, trikoma yg mengandung polifenol bfgs unt melindungi thd dampak merusak sinar UV B
Pd bbrp sp tumbuhan, adanya trikoma yg rapat dpt dgunakan unt menghindari pemakanan oleh insekta, peletakan telur insekta, dan pengkonsumsian oleh larvaenya

Pengklasifikasian trikoma bdsrkn morfologinya
Papillae, pertumbuhan ke arah luar dr epidermis, kdg dibedakan dr trikoma
Simple trichomes (unbranched), uniseluler atau multiseluler
Root hairs

Sel silika dan sel gabus
Sel silika berasal dr tjdnya deposisi silika dlm jml besar pd sel penyusun bag shoot dr grass, ketika sel tsb tlah bnr2 berkembang mk lumennya akn penuh terisi dg silika. Sel gabus ddnya mengalami suberisasi dan kadang mengandung bhn organik padat

Perkembangan sel silika dan sel gabus
Pasangan sel silika-gabus berasal dr pembelahan simetris atau equal sel inisial di bag basal meristem daun dan internodus, shg tbtk sel anakan yg simetris pula. Sel sebelah atas mrpk calon sel silika sdgkn sel sebelah bawah mrpk cln sel gabus. Sel silika biasanya membesar lbh cepat drpd sel gabus dan tumbuh menonjol dr permukaan epidermis dan menuju sel gabus. Sel silika yg mendekati dewasa, nukleusnya akn pecah dan lumen selnya terisi dg bhn-bhn fibrillar dan mengandung droplet lipid, ke-2 bhn tsb kemungkinan mrpk sisa protoplas. Akhirnya pd sel silika yg menua lumennya terisi dg silika, yg berpolimerisasi mbtk badan silika. Sdgkn sel gabus tetap memiliki nukleus dan sitoplasma saat dewasa

Sel bulliform (Sel Kipas)
Sel yg btknya spt gelembung dijumpai pd semua monokotil, kecuali Helobiae. Dpt dijumpai di kedua sisi daun, tdk terbatas pd epidermis sj tp seringkali ditemukan pd sel yg kurang berwarna bdktn dg mesofil. Kadang dijumpai di seluruh permukaan atas bag helaian, kadang terbatas diantara tulang daun dan membentuk semacam berkas, bag tengah selnya biasanya lbh besar. Fungsinya untuk mengurangi panas. Selnya mengandung air dan tak berwarna. Dinding luarnya lbh tebal drpd sel-sel epidermis yg berada di dktnya, mengalami kutinisasi dan mpy kutikula. Expansion cell, pd bbrp tahap perkembangan daun, sel-sel tsb mengalami ekspansi yg cepat shg diperkirakan berperan thd pembentagan daun. Motor cell, dg adanya perubahan turgor, sel-sel tsb berperan dlm pembukaan higroskopik dan pergerakan menutup dr daun dewasa

Read More

PERTUMBUHAN SEKUNDER BATANG

The Birth New Meristem

Pertumbuhan primer merupakan aktivitas meristem ujung akar dan batang.

Menyebabkan pertumbuhan memanjang kearah atas (SAM) dan ke bawah (RAM)

Pertumbuhan sekunder dipicu oleh meristem selain diujung batang dan akar.

Meristem baru ini terbentuk dari sisa jaringan provascular.

Menyebabkan pertumbuhan ke arah lateral.

Disebut juga sebagai meristem lateral.

Kambium

Meristem lateral di batang adalah kambium.

Umum dijumpai pada tanaman berkayu maupun arborescent (Conifer).

Terbentuk pertama kali dibagian jaringan  pengangkut antara xilem dan floem.

Disebut juga dengan kambium fasikuler

Diferensiasi kambium berlanjut pada daerah diantara berkas pengangkut (interfasikuler region) sehingga dsb kambium interfaskuler.

KAMBIUM VASKULER

Pada tanaman herba dikotil yang hanya dijumpai sedikit pertumbuhan sekunder, Kambium fasikuler merupakan satu-satunya daerah yang aktif.

Pada tanaman herba tidak berkayu tidak dijumpai kambium. Kalaupun ada tidak aktif membelah.

Aktivitas kambium berlangsung terus-menerus pada tanaman perenial

Pada tanaman annual aktivitasnya hanya sementara. Sebelum tanaman mati, kambium menghentikan aktivitasnya dan berdeferensiasi menjadi xylem dan floem.

PERIDERM

Merupakan pembungkus batang tanaman dikotil dan angiosperm.

Terdiri dari felem dan feloderm yang terbentuk dari felogen.

Felogen merupakan meristem sekunder .

Diinisi oleh parenkim kortek terluar, umumnya satu atau dua lapis di bawah epidermis.

FELEM

Felogen ke arah luar membentuk felem.

Felem merupakan sel yang tersusun rapat dengan bentuk seperti sel induknya (felogen).

Sel dewasa merupakan sel mati dan dinding sekunder mengandung suberin yang tinggi.

Impermiabel terhadap air.

Sehingga sel diluarnya akan mati.

FELODERM

Felogen ke arah dalam membentuk feloderm.

Merupakan sel hidup, seperti sel-sel parenkim kortek.

Pada awal perkembangannya, sel-sel tersebut sebagai tempat fotosintesis, memiliki kloroplas dan butir-butir pati.

Lentisel

Periderm yang mengalami spesialisasi untuk pertukaran gas.

Lentisel merupakan daerah yang terbentuk oleh sel-sel yang tersusun longgar yang merupakan turunan dari felogen. 

Read More

Produksi Industrial Asam Amino

•Produksi asam amino adalah perusahaan multi-miliar dolar. Kesemuanya dua puluh asam amino diproduksi, meskipun dalam jumlah yang sangat berbeda.

•Asam amino digunakan sebagai aditif pakan hewan “animal feed additives” (lisin, metionin, treonin), penguat rasa “flavor enhancers” (monosodium glutamat, serin, asam aspartat) dan sebagai nutrisi khusus di bidang medis.
•Asam glutamat, lisin dan metionin adalah asam amino yang paling banyak dijual. Asam glutamat dan lisin dibuat melalui fermentasi; metionin dibuat oleh sintesis kimia. Produsen utama asam amino adalah Jepang, AS, Korea Selatan, Cina dan Eropa.
•Industri asam amino berakar pada praktek persiapan makanan di Jepang. Rumput laut telah digunakan selama berabad-abad di sana dan di negara-negara Asia lainnya sebagai bahan penyedap.

•In1908, Kikunae Ikeda dari Tokyo Imperial University mengisolasi prinsip penguat rasa dari kombu rumput laut (Laminaria japonica) sebagai kristal monosodium glutamat (MSG).

•Menambahkan MSG untuk daging, sayuran dan hampir semua jenis lain dari makanan jadi membuatnya gurih, sifat ini disebut umami.

Read More

RHODOPHYTA

Characteristic of Red Algae

§Multicelluler, only some of them unicelluler.

§Has body called a thallus because it lacks roots, stems, or leaves. Talus berbentuk filamen bercabang-cabang terbuka atau pseudoparenkimatis kompak. 

§Use structures called holdfasts to attach themselves to rocks.

§Pyrenoid present in chloroplast

§They have single nucleus, ring-shaped, haploid or diploid

§Absence of flagella and centrioles

§Have pigments that enable them to use the light that penetrates in to deep water for photosynthesis (may be red, blue, etc) à Phycobilins à pigment for absorbing light

§Marine seaweeds that can live in great depths.

§Smaller than brown algae and live in deeper waters

§Grow in warm saltwater habitats

Pigmen Fotosinstesis

•Pigmen fotosintesis utama berupa klorofil a dan fikobilin.

•Fikobilin bersatu dengan protein membentuk fikobili-protein, yang terdiri dari fikoeritrin, fikosianin dan allofikosianin. Kadang-kadang ditemukan pula klorofil d tetapi fungsinya kurang jelas.

•Pada permukaan luar tilakoid, fikobiliprotein membentuk granula fikobilisom untuk menangkap sinar dan mentransfer energi ke klorofil a yang menyelubungi membran tilakoid. Talus berwarna merah apabila pigmen fikoeritrin dominan.

Cadangan makanan

Cadangan makanan disebut tepung floridea, berupa rangkaian a-1,4-glukosa seperti glikogen atau amilopektin pati, terdapat di luar plastida dalam sitoplasma

Read More

MATERI KULIAH_MONOKOTIL 2

Ordo Scitamineae (Zingiberales)

• Benang sari fertil 1 atau 5 (pada Ravenala madagascariensis 6)
• Bunga biasanya setangkup tunggal.
• Daun tersusun berseling atau spiral, pangkal pelepah terbuka dan jarang tertutup.
• Bakal buah tenggelam.
• Biji mempunyai endosperm.
• Ordo ini terdiri dari 4 familia, yaitu Musaceae, Zingiberaceae, Cannaceae dan Marantaceae

Familia Musaceae

• Always : robust non-aromatic herbs; leaves simple, huge, spiral, rolled up lengthwise in bud, the leaf bases forming a fleshy pseudotrunk; 5 stamens, 1 staminode; ovary inferior, 3-locular.
• Usually/often : flowers mostly unisexual; fruit a many-seeded berry oe fleshy capsule.
• Different from Sterlitziaceae : leaves not in two rows. Different from Zingiberaceae : non aromatic, 5 stamens.
• Distribution and ecology : Distributed widely in tropical regions, some species are cultivated.
• The family only has few genera and approximately 150 species such as Musa (± 80 spp.) and Phenakospermum.

Read More

Materi kuliah_Monokotil

MONOCOTYLEDONEAE (LILIOPSIDA)

nKELAS MONOCOTYLEDONEAE

§Tumbuhan berkayu atau umumnya herba (terna);

§Batang memiliki berkas pengangkut yang tersebar merata dan tidak tersusun dalam silinder tunggal (yakni tidak tampak seperti cincin pada irisan melintang);

§Daun biasanya bertulang sejajar, bagian tepi hampir selalu rata;

§Bunga terdiri dari 3 bagian (trimer) atau kelipatan 3;

§Biji memiliki embryo dengan satu kotiledon.

§Terdapat perkecualian terhadap sifat-sifat ini, tetapi umumnya sulit ditemukan penyimpangan lebih dari satu sifat dan secara umum sifat-sifat tersebut merupakan sifat khas monokotil.

nKLASIFIKASI

§Para ahli taksonomi berbeda pendapat dalam menetapkan klasifikasi Monocotyledoneae.

§Bessey membagi kelompok ini menjadi 8 ordo, Engler dan Diels membaginya menjadi 11 ordo dan 45 familia, sedang Hutchinson membaginya menjadi 26 ordo dan 68 familia.

Read More

Pengantar Mikrobiologi

lApa yang anda pikirkan ketika mendengar kata mikrobiologi?

Organisme sangat kecil dan hanya dapat dilihat dengan mikroskop

Kuman yang dapat menimbulkan penyakit

lBEBERAPA JENIS MIKROBA

Escherichia coli (A)  Cyanobacterium (B) Jamur (C)

Virus Ebola (D)

Parasit protozoa (E)

lCABANG MIKROBIOLOGI
(DASAR)

1.Keanekaragaman (Virologi, Bakteriologi, Mikologi, Protozoologi, Parasitologi)

2.Fisiologi Mikroba

3.Genetika Mikroba

4.Ekologi Mikroba

5.Patogenesis

6.Immunologi

7.Epidemologi

lCABANG MIKROBIOLOGI
(APLIKASI)

1.Mikrobiologi Medis (Kemoterapi)

2.Mikrobiologi Industri (Teknologi Fermentasi)

3.Mikrobiologi Lingkungan (Bioremediasi)

4.Rekayasa Genetika

5.Mikrobiologi Makanan (Biosafety)

lPOSTULAT KOCH

lAgen penyebab khusus harus dijumpai pada setiap kasus penyakit.

lOrganisme penyebab penyakit dapat diisolasi dalam kultur murni.

lInokulasi kultur tersebut ke orang sehat atau hewan harus menghasilkan penyakit yang sama.

lOrganisme penyebab penyakit dapat diisolasi dari orang atau hewan yang terinokulasi dan sama dengan kultur murninya.

Read More

PROSPEK PEMANFAATAN SUMBER-SUMBER BUKTI BARU DALAM PEMECAHAN PERMASALAHAN TAKSONOMI TUMBUHAN

Oleh :Prof. Drs. Suranto,M.Sc. Ph.D


MIKROSKOP
q Peranan mikroskop dalam taksonomi :mengamati bentuk atau ultra struktur butir-butir pollen.

qTipe mikroskop yang digunakan:

  1. Scanning Electron   Microscopy (SEM)

  2. Transmission Electron   Microscopy (TEM)

  3.  Mikroskop cahaya   (konvensional)

qData taksonomi dari morfologi pollen cukup penting karena mengingat organ generatif tumbuhan ini relatif stabil dalam konsistensi penampakan dibandingkan dengan sifat morfologi tumbuhan yang lain.


KIMIA
qKemotaksonomi digunakan dalam taksonomi karena senyawa-senyawa kimia tumbuhan merupakan sifat empirik yang bernilai, serta dapat digunakan untuk menetapkan identitas suatu tumbuhan (Harborne, 1975).


ELEKTROFORESIS
qMerupakan metode yang paling handal dalam memecahkan permasalahan taksonomi (Harborne, 1975) terutama apabila sifat morfologi sulit sekali dibedakan.
qDigunakan untuk menganalisis taksonomi di bawah species


Ranunculus triplodontus
(suranto,1991)
qRanunculus dianalisis dengan 4 macam enzim:
qMengungkap kejelasan posisi species Ranunculus triplodontus yang mempunyai kompleksitas morfologi daun yang terdapat di berbagai kondisi lingkungan yang berbeda tetap merupakan satu species.
qData eksperimen (isozim) dan data morfologi dapat saling mendukung.

GENETIKA
qKromosom digunakan untuk memecahkan masalah yang berhubungan dengan morfologi tumbuhan.
qDiuji menggunakan 4 macam isozim      
qMaka Variasi morfologi R. nanus terbukti terjadinya variasi morfologi daun didasari oleh faktor genetik    


MOLEKUL
qDNA digunakan untuk penggolongan virus tumbuhan khususnya genus Potyvirus strain Sugarcane Mosaic Virus berdasarkan sekuens “gen CP( selubung protein) ” menjadi Johnson Grass Mosaic Virus (JGMV)
qBerdasarkan sekuens DNA “gen selubung protein” strain JGMV yang dulunya 3 strain sekarang dikenal 4 strain (Suranto,dkk. 1998)

Dalam taksonomi modern, semakin banyak data yang digunakan, maka semakin kuat validitas klasifikasi status taksonomi tumbuhan.

  

  1.  Classical Taxonomy

   Pengelompokan tumbuhan berdasar sifat-  sifat makro yang menarik (morfologi).

  2.  Experimental taxonomy

  Pengelompokan tumbuhan yang tidak       hanya berdasarkan sifat morfologi        tetapi juga karakter mikro (kandungan       kimia, jumlah kromosom, data genetik).

 

  Taksonomi tumbuhan berperan penting dalam:

  -  identifikasi

  -  menguji klasifikasi yang   telah dibuat   berdasarkan sifat morfologi

  -  mengetahui hubungan kekerabatan

  -  pengaruh lingkungan (Grant, 1984).

Read More

NCBI DAN EBI

Perkembanghan di bidang bioinformatika harus diimbangi dengan kemajuan teknologi penyimpan dan pengolah data. Karena produk dari bioinformatika adalah data. Salah satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang bioinformatika adalah bagaimana untuk menyimpan dengan cara yang mudah diakses, dari data yang berupa urutan genom keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, penentuan fungsi dan struktur berbagai macam protein dan berbagai macam data yang berhubungan dengan biologi khususnya molekuler.

A. NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Gb. 01 Home NCBI

NCBI didirikan sebagai respon pemerintah terhadap kebutuhan untuk informasi lebih lanjut dan lebih baik metode pengolahan untuk menangani tantangan ini. National Centerfor Biotechnology Information (NCBI) menyediakan situs web yang komprehensif  yang mencakup biologi yang berhubungan dengan database, dan alat untuk melihat dan menganalisis data yang ada di database.

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi yang disponsori oleh Senator Claude Pepper sebagai database biologi molekuler. Alamat situs situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

NCBI membuat database yang dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu  software  untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang digunakan untuk proses molekuler. Beberapa database yang tersedia di NCBI meliputi:

·         Database bank gen skuens DNA yang mengandung lebih dari 9.103.000 skuens nukleotida, 

·         Database model molekuler (Molecular Modeling Database = MMDB) yang terdiri dari struktur tiga dimensi protein sebagai alat bantu visualisasi dan analisis perbandingan,

Data dapat Diakses pada NCBI:

1.      BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a)      Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida

b)      Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein

c)      Blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein

d)     Tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

e)      Tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

2.      JURNAL

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan.  PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.

3.      DATABASE NUKLEOTIDA DAN PROTEIN

Database Nukleotida merupakan kumpulan urutan dari beberapa sumber data, termasuk GenBank, RefSeq, TPA dan PDB. Genom, gen dan transkrip data sekuens memberikan dasar untuk penelitian biomedis dan penemuan.

Database Protein merupakan kumpulan urutan dari beberapa sumber data, termasuk terjemahan dari daerah coding dijelaskan di GenBank, RefSeq dan TPA, serta catatan dari SWISSPROT, PIR, PRF, dan PDB. Urutan protein merupakan penentu fundamental dari struktur biologis dan fungsi.

4.      GenBank

GenBank  adalah urutan NIH database genetik, koleksi beranotasi semua urutan DNA tersedia untuk umum. Ada sekitar 126.551.501.141 pangkalan di 135.440.924 catatan urutan di divisi GenBank tradisional dan 191.401.393.188 pangkalan di 62.715.288 catatan urutan di divisi WGS. Catatan rilis lengkap untuk versi GenBank tersedia di situs ftp NCBI. Sebuah rilis baru dibuat setiap dua bulan. GenBank merupakan bagian dari Kolaborasi Urutan Nukleotida Internasional database, yang terdiri databank DNA Jepang (DDBJ), Molecular Biology Laboratory Eropa (EMBL), dan GenBank di NCBI. Ketiga organisasi pertukaran data setiap hari. Contoh dari catatan GenBank dapat dilihat untuk gen Saccharomyces cerevisiae.

Akses ke GenBank

Cari GenBank untuk pengidentifikasi urutan dan penjelasan dengan Entrez Nukleotida, yang terbagi menjadi tiga divisi: CoreNucleotide (koleksi utama), dbEST (Tag urutan Dinyatakan), dan dbGSS (Genome Urutan Survey). Cari dan menyelaraskan urutan GenBank ke urutan query menggunakan BLAST (Basic Penyelarasan Alat Pencarian Lokal). Pencarian BLAST CoreNucleotide, dbEST, dan dbGSS mandiri; melihat info BLAST untuk informasi lebih lanjut tentang database BLAST banyak. Cari link dan urutan. Upload programatik menggunakan NCBI e-utilitas.

GenBank Data Usage

Database GenBank dirancang untuk menyediakan dan mendorong akses dalam komunitas ilmiah untuk sebagian to date dan informasi urutan DNA yang komprehensif. Oleh karena itu, NCBI menempatkan tidak ada pembatasan pada penggunaan atau distribusi dari data GenBank. Namun, beberapa mungkin menyerahkan mengklaim paten, hak cipta, atau hak kekayaan intelektual dalam semua atau sebagian dari data yang mereka telah disampaikan. NCBI tidak dalam posisi untuk menilai keabsahan klaim tersebut, dan karena itu tidak dapat memberikan komentar atau izin terbatas mengenai penggunaan, menyalin, atau distribusi dari informasi yang terdapat dalam GenBank.

Dalam NCBI juga terdapat data mengenai bentuk-bentuk tiga dimensi protein. Menu yang terdapat pada home NCBI adalah:

·         Chemicals & Uji hayati

·         Data & Software

·         DNA & RNA

·         Domain & Struktur

·         Gen & Ekspresi

·         Genetika & Pengobatan

·         Genom & Maps

·         homologi

·         literatur

·         protein

·         urutan Analisis

·         taksonomi

·         Pelatihan & Tutorial

·         variasi

B. EBI

             The European Bioinformatics Institute (EBI) adalah sebuah organisasi non-profit akademik yang merupakan bagian dari Laboratorium Biologi Molekuler Eropa ( EMBL ). EBI adalah sebuah pusat penelitian dan jasa di bioinformatika. Lembaga mengelola database dari data biologi termasuk asam nukleat, urutan protein dan struktur makromolekul.

Ketika kita bergerak menuju pemahaman biologi pada tingkat sistem, akses ke data yang besar dan beragam menjadi kebutuhan yang sangat penting. Teknologi seperti genom-sequencing, mikroarray, proteomik dan genomik struktural telah memberikan 'daftar bagian' bagi organisme hidup, dan peneliti kini berfokus pada bagaimana membentuk suatu sistem bersama. Namun, revolusi tinggi-throughput juga mengancam menenggelamkan kita dalam data. Data hasil penelitian dari berbagai macam sumber yang jumlahnya sangat besar memerlukan tempat penyimpanan yang mudah diakses dan membutuhkan sistem untuk mengolah data dengan lebih cepat dan efisien. EBI merupakan salah satu situs yang dapat digunakan untuk akses dan mengolah data.

Gb. 02. Home EBI

MENU-MENU YANG ADA DI DALAM SITUS EBI

1. Database Index, terdiri dari sub menu:

a)      Database Browsing

EBI menyediakan akses ke banyak alat bantu untuk browsing dan mengambil data terkait biologis dan data literatur.

b)      Biological Ontologies

EBI telah mengembangkan dan mempertahankan sejumlah database ontologi biologi dan jasa terkait.

c)      Literatur

EBI telah mengembangkan dan mempertahankan sejumlah database ontologi biologi dan jasa terkait.

d)     Funcional Genomic

Terdiri dari sub menu Array Express dan Gen Ekspression Atlas. Arsip ArrayExpress adalah database percobaan genomik fungsional termasuk ekspresi gen di mana pengguna dapat men-download dan meng-query data yang dikumpulkan dengan standar MIAME dan MINSEQE. Gene Expression Atlas berisi subset data Arsip curated dan re-catatan yang dapat dilihat untuk ekspresi gen individu di bawah kondisi biologis yang berbeda di seluruh percobaan.

e)      Nukleotid

Merupakan kumpulan link ke berbagai macan databese nukleotid seperti DGVa, EGA, ENA, Ensembl, Ensembl Genomes, Genome Reviews, ENA Genomes Server, HGNC, IMGT/HLA, IMGT/LIGM, IPD dan Parasites.

f)       Pathways and Networks

EBI membangun jalur dan database jaringan seperti BioModels, IntAct, Reactome, dan Rhea.

g)      Database mengenai protein dan proteomics

h)      Small Molecules

EBI telah mengembangkan dan memelihara database berikut struktur kimia dari molekul organik kecil dan informasi tentang kegiatan mereka yang berhubungan dengan biologi

i)        Structure yang berisi data mengenai berbagai macam struktur protein

2. Tools

a.       ID Mapping, menyediakan layanan ID mapping yaitu PLRC.

b.      Literatur, menyediakan link literatur seperti: EBIMed, Protein Corral, Whatizit

c.       MicroArray Analysis berupa Biokonduktor, Akspresion Profiler

d.      Protein Fungsional Analysis

e.       Proteomic Services

f.       Sequense analysis, analisis urutan dan menentukan fungsi biologi dan atau struktur gen dan protein yang telah dikode. Alat seperti Transeq dapat membantu menentukan protein coding daerah dari urutan DNA. ClustalW2 ini digunakan untuk menyelaraskan urutan DNA atau protein dalam rangka untuk menjelaskan keterkaitan serta asal usul evolusi.

g.      Similarity dan Homology, urutan pencarian Kesamaan adalah metode pencarian database urutan dengan menggunakan keselarasan dengan urutan permintaan. Dengan statistik menilai seberapa baik database dan permintaan sesuai dengan salah satu urutan dapat menyimpulkan informasi homology dan transfer ke urutan permintaan. Alat ini dapat diluncurkan dengan bentuk yang berbeda pra-set menggunakan tombol  ini dapat diubah pada halaman alat juga.

h.      Structural Analysis.

i.        Tool-Miscellaneous

Read More